Taxonomie prokaryot

Na rozdíl od nomenklatury, která je přesně stanovena neexistuje zatím žádná oficiální klasifikace bakterií. Jako „oficiální“ by mohla být navržena ta, která je široce akceptovatelná celou odbornou mikrobiologickou veřejností po nějakou dobu.

Poměrně velká část mikrobiologů používá jako „klasifikační příručku“ Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Jedná se o několikasvazkovou publikaci, poprvé vydanou v roce 1923, která je neustále aktualizována.

Každý svazek má jiný kolektiv autorů a každý rod zpracovává přední světový odborník pro uvedený rod. Manuál popisuje všechny známé bakterie a uvádí tabulky vlastností jednotlivých druhů potřebné pro jejich identifikaci.

Bakterie jsou zde do jisté míry uspořádány z taxonomického hlediska, toto rozdělení však není úplné a řada bakteriálních rodů je zařazena za nejpříbuznějšími čeleděmi.

Bergeyho manuál se dělí na jednotlivé kapitoly neboli sekce, z nichž každá zahrnuje určitou skupinu bakterií vymezenou na základě fenotypových charakteristik – barvitelnosti podle Grama, morfologie, tvorby spor, atd. Jednotlivé sekce (celkem 33) potom tvoří např. grampozitivní koky, fakultativně anaerobní gramnegativní tyčinky, spirochety, atd.