Vstup substrátů do katabolismu chemoorganotrofních bakterií
Vstup aminokyselin a bílkovin
Peptidy a bílkoviny
Peptidy a bílkoviny jsou nejprve hydrolyzovány extracelulárními proteasami na jednotlivé aminokyseliny, které po průchodu cytoplasmatickou membránou vstupují do katabolismu. Extracelulární proteasy jsou produkovány zejména řadou tzv. hnilobných bakterií, které způsobují rozklad bílkovin masa a dalších produktů za vzniku amoniaku, sirovodíku a dalších senzoricky nežádoucích látek (indol, skatol, atd.). Mezi významné producenty patří např. bakterie rodů Bacillus, Clostridium, Pseudomonas či Proteus a plísně. Všechny bílkoviny v prostředí jsou díky činnosti mikroorganismů mineralizovány na konečné produkty (CO2, H2O a NH3) a vráceny tak do koloběhu látek v přírodě.
Po spotřebování bílkovin z prostředí dochází k využívání ostatních, vzácnějších, organických látek, jako jsou třeba alifatické a aromatické uhlovodíky a jejich deriváty (bakterie Pseudomonas spp. či některé plísně) či jednouhlíkové sloučeniny obsahující methylskupinu CH3 – např. methan či methylalkohol (methylotrofní bakterie).