Agarózová gelová elektroforéza (ELFO)

Příklad vyhodnocení PCR produktů pomocí ELFO

Na obrázku je vyfocený gel, ve kterém jsou detekovány PCR produkty.

Gel má 5 jamek. Do jamky 1 až 4 byly napipetovány PCR produkty (1 - negativní kontrola, 2 - pozitivní kontrola s DNA kmene Lactobacillus brevis, 3 a 4 - analyzovaný vzorek), do 5. jamky byl napipetován hmotnostní standard (DNA marker - obsahuje DNA fragmenty o známé velikosti).

PCR produkty i DNA marker migrovaly gelem a na základě velikosti se rozdělily (kratší fragmenty DNA migrovaly rychleji - doputovaly dál - na fotce níž; delší fragmenty migrovaly pomaleji a doputovaly do kratší vzdálenosti od jamek - na fotce výš).

PCR produkty jsou po obarvení a ozáření UV světlem viditelné jako tenká čára, tzv. band.

Závěr:

1) negativní kontrola je v pořádku - žádný amplikon v průběhu PCR nevznikl (komponenty nebyly zkontaminovány), žádný band není pozorovatelný

2) pozitivní kontrola je v pořádku (všechny komponenty byly funkční) - vznikl amplikon o velikosti 1340 bp

3) neznámý izolát je Lactobacillus brevis - vzniklý amplikon je porovnán s DNA markerem, případně pozitivní kontrolou, velikost odpovídá 1340 bp

4) neznámý izolát je Lactobacillus brevis - vzniklý amplikon je porovnán s DNA markerem, případně pozitivní kontrolou, velikost odpovídá 1340 bp

5) fragmenty DNA u hmotnostního standardu byly rozděleny podle délky (počtu páru bazí bp)