Rozdělení podle způsobu výživy

Fotoautotrofní bakterie

Tato skupina je reprezentována sinicemi (fotoredukce CO2 vodíkem z vody) a zelenými sirnými bakteriemi (fotoredukce CO2 jinou látkou než vodou – H2S, sírou či H2). Zdrojem energie těchto mikroorganismů je světlo, zdrojem uhlíku CO2.

Fotoheterotrofní bakterie

Do této kategorie spadají purpurové sirné bakterie a purpurové bezsirné bakterie, jejich zdrojem energie je světlo, zdrojem uhlíku organická látka.

Chemoautotrofní bakterie

Tento způsob výživy je znám pouze u bakterií. Chemoautotrofní bakterie nevyžadují organické látky, zdrojem uhlíku je CO2 fixovaný Calvinovým cyklem a zdrojem energie redukovatelné anorganické látky. Do této skupiny patří nitrifikační, sirné či železité bakterie.

Chemoheterotrofní bakterie

Tento typ výživy je charakteristický pro většinu bakterií, včetně těch potravinářsky významných. Zdrojem uhlíku a energie jsou různé organické látky, každá chemoheterotrofní bakterie má obvykle schopnost využívat jako zdroj několik látek (E. coli například více než dvacet).