Taxonomie prokaryot
Kapitola popisuje základní pravidla taxonomie prokaryot.
Taxonomická hierarchie prokaryot
Druh
Základní taxonomickou jednotkou je druh (species, zkratka sp. nebo spp.).
Jako druh se obvykle označuje skupina individuí vykazují vysoký stupeň podobnosti, která se současně významně liší od jiné skupiny individuí. V bakteriologii je však druh definován jinak než v botanice či zoologii.
Druh u prokaryot je tedy definován jako:
Prokaryota nejsou schopna pohlavního rozmnožování a jejich fenotypové a genotypové vlastnosti mohu být velmi proměnlivé, proto je zde vymezení druhu velmi obtížné.
- jasně vymezená skupina navzájem příbuzných kmenů, zahrnujících typový kmen
- sdílející 70% a vyšší DNA-DNA homologii komplementárních párů bází
vykazující, až na výjimky, shodné fenotypové znaky a současně mající některé odlišné znaky od jiných skupin.
Pro bakterie je charakteristická „genetická promiskuita“, tj. poměrně vysoká frekvence horizontální výměny části genetického materiálu mezi dvěma třeba i značně nepodobnými jedinci (konjugace, transdukce a transformace). Dalším faktorem je velká proměnlivost genetických vlastností bakterií vyplývající z haploidie jejich genomu. U haploidní buňky se každá mutace projeví, protože není zakryta normální funkcí druhé nemutované alely.