Dělení podle zdroje uhlíku

Podle zdroje uhlíku dělíme bakterie do dvou skupin – bakterie autotrofní (zdrojem uhlíku je CO2) a bakterie heterotrofní (zdrojem uhlíku jsou organické látky). Některé bakterie mohou získávat uhlík obojím způsobem, označujeme je jako mixotrofní.

Na rozdíl od eukaryot není autotrofie u prokaryot vázána pouze na fotosyntézu, ale může se vyskytovat i u chemotrofních bakterií. I v případě autotrofie tedy hovoříme o dvou skupinách bakterií – fotoautotrofní (fotolitotrofní) a fotoheterotrofní (fotoorganotrofní).