Anabolismus chemoorganotrofních bakterií

Hlavní osou biosyntézy malých molekul je opět glykolýza a Krebsův cyklus. Jednoduché cukry (hexosy a pentosy) syntetizuje chemoorganotrofní bakterie ze tříuhlíkatých či čtyřuhlíkatých intermediátů procesem glukoneogeneze. Glukoneogeneze je do jisté míry obrácenou drahou ke glykolýze (7 reakcí je společných, 3 v glykolýze nevratné reakce jsou nahrazeny jinými). Při využití dvouuhlíkatého acetátu musí být tento nejprve glyoxalátovým cyklem přeměněn na čtyřuhlíkatý sukcinát. Interkonverze (vzájemná přeměna) cukrů uvnitř buňky je vždy realizována na úrovni jejich fosfátů nebo cukerných nukleotidů.

Výchozí látkou pro syntézu mastných kyselin se sudým počtem uhlíků je acetyl-CoA, v případě větvených mastných kyselin s lichým počtem uhlíků potom jiné intermediáty (např. propionyl-CoA). Nenasycené mastné kyseliny vznikají aerobním i anaerobním způsobem.

Zcela zásadní roli hrají ve stavbě bakteriální buňky purinové a pyrimidinové nukleotidy. Syntéza purinů začíná ribosa-5-fosfátem, výchozí látkou syntézy pyrimidinů je kyselina asparagová a karbamoylfosfát. Deoxyribonukleotidy jsou získány redukcí příslušných ribonukleotidů, obvykle na úrovni nukleosiddifosfátů. Mimo syntézy nukleotidů „de novo“, jsou bakterie schopné využívat i nukleové baze či nukleosidy přítomné v živném médiu.