Multiplex-PCR

Mezi běžně používané patří mnohonásobná multiplex-PCR, která umožňuje detekci více genů současně.

Podle počtu požadovaných PCR produktů (amplikonů), obsahuje master mix příslušný počet párů primerů.

Tato metoda se často využívá pro stanovení několika bakteriálních druhů současně (např. Campylobacter jejuni a C. coli) nebo při detekci genů kódujících stafylokokové enterotoxiny či genů rezistence.