Taxonomie - úvod

Taxonomie je věda zabývající se charakterizací a zařazením organismů do jednotlivých taxonomických jednotek (tzv. taxonů), a to na základě jejich vlastností a vzájemného příbuzenského vztahu. V případě taxonomie prokaryot jsou oblastní studia organismy z domén Archaea a Bacteria.

Taxonomie se skládá ze tří vzájemně propojených oblastí:

  • klasifikace (uspořádání organismů do skupin na základě jejich podobnosti a příbuznosti),
  • nomenklatury (přiřazování jmen taxonomickým skupinám podle mezinárodních pravidel),
  • identifikace (zařazování nových izolátů do již ustavených a pojmenovaných taxonů).
Taxonomie má 2 hlavní funkce:
  1. identifikovat a popisovat základní taxonomické jednotky (druhy),
  2. a navrhovat vhodný způsob zařazování a katalogizace těchto jednotek.

Taxonomie je tedy dynamický subjekt, který se neustále mění na základě dostupných údajů.

Pro stanovení fylogenetického postavení prokaryot je klíčová sekvenční analýza 16S rDNA, kdy podobnost 97 % a vyšší je udávána jako hraniční pro zástupce stejného druhu. Jinými slovy tedy neidentifikovaný izolát, jehož kompletní sekvence genu pro 16S rRNA má podobnost <97% k nejbližším fylogenetickým sousedům, tvoří nový taxon.