Taxonomie prokaryot

Nejvyšší postavení v taxonomii prokaryot má doména, následují nižší podskupiny – kmen, třída, řád, čeleď, rod, druh a podruh.

Na rozdíl od taxonomie eukaryot se nepoužívají termíny říše a oddělení.

Obecně vžité pojmy jako spirochéty, methan oxidující bakterie, atd. nemají oficiální postavení.