Cytoplasma a struktury v ní uložené

Cytoplasma je koncentrovaný, viskózní, vodný roztok mnoha biomolekul (enzymy, nukleové kyseliny, aminokyseliny, nukleotidy, lipidy, sacharidy, různé metabolity a řada dalších nízkomolekulárních látek). Obsahuje až 80 % vody a spíše než roztok připomíná měkký gel. Zcela vyplňuje vnitřní prostor bakteriální buňky a probíhá v ní většina metabolických procesů.

Cytoplasma obsahuje 3 druhy strukturálních útvarů: nukleoid (jádro), ribosomy a granula zásobních látek. U některých bakterií se mohou vyskytovat také plasmidy.

Vodní fototrofní bakterie bývají nadnášeny plynovými vakuolami. Jejich bílkovinná membrána je zcela propustná pro všechny plyny a vodu, vnitřní struktura vakuol je tvořena plynovými váčky cylindrického tvaru s kónickými konci.

U některých bakterií obsahuje cytoplasma také různá barviva. Nejčastěji se jedná o karotenoidní barviva zbarvující buňky a jejich kolonie žlutě, oranžově, růžově až červeně (např. Staphylococcus aureus). U jiných se nachází černá barviva melanoidního typu. Karoteny ani melaniny nejsou živými buňkami uvolňovány do prostředí. Naproti tomu řada dalších barviv je do prostředí exkretována a růst bakterií je doprovázen charakteristickými barevnými změnami živného média. Patří sem např. modrá, žlutozelená až červená barviva fenazinové povahy tvořená některými pseudomonádami (Pseudomonas fluorescenc).

Rezervní látky zastupuje především glykogen a kapénky poly-ß-hydroxymáselné kyseliny (ta je pro bakterie specifická), dále se může vyskytovat polyfosfát volutin či polysacharid granulosa. U sirných bakterií slouží jako rezervní zdroj energie zrníčka síry, neutrální tuky se u bakterií nevyskytují.