Vstup substrátů do katabolismu chemoorganotrofních bakterií

Jako zdroj energie a uhlíku slouží nejčastěji triglyceridy a fosfolipidy. Bakterie schopné produkovat extracelulární lipasy je hydrolyzují na mastné kyseliny a glycerol. Glycerol po převedení na 3-fosfoglyceraldehyd vstupuje do glykolýzy, kde je přeměněn na pyruvát, který je za aerobních podmínek oxidován v Krebsově cyklu.

Volné mastné kyseliny podléhají tzv. beta-oxidaci mastných kyselin, při které jsou postupně aerobně oxidovány za vzniku acetyl-CoA a mastné kyseliny kratší o dva uhlíky. Jedná se v podstatě o „spirálovitě“ probíhající proces, který se opakuje až do úplné oxidace celé mastné kyseliny se sudým počtem uhlíků. Vzniklý acetyl-CoA vstupuje do Krebsova cyklu. Současně mohou vznikat senzoricky významné látky jako methylketony, sekundární alkoholy a těkavé kyseliny. Beta-oxidace mastných kyselin je významným zdrojem energie pro bakteriální buňku.

Rozklad tuků je nežádoucí zejména u potravin s jejich vysokým obsahem, např. másla. Velmi často jej vyvolávají psychrotrofní mikroorganismy, které jsou schopny metabolismu i za nízkých (chladničkových) teplot, např. bakterie Pseudomonas spp. či některé plísně. Vzniklé nižší mastné kyseliny – máselná (C4), kapronová (C6), kaprylová (C8) či kaprinová (C10), významně ovlivňují senzorické vlastnosti potravin (žluklá chuť, cizí pach) a zvyšují číslo kyselosti. Vznik methylketonů je typický pro zrání plísňových sýrů.