Základní kroky reakce

Mnohonásobné amplifikace (tzn. namnožení DNA) je dosaženo opakováním tří základních kroků – denaturace, hybridizace a syntézy nových vláken.

1) Při denaturaci templátové DNA (obvykle při teplotě 95 °C) dochází k uvolnění vodíkových můstků mezi bázemi komplementárních nukleotidů a k přechodu dvouřetězcové šroubovice DNA (dsDNA) na jednořetězcovou (ssDNA).

2) Při kroku hybridizace se reakční směs nejprve ochladí (teplota kolem 50 – 60 °C). V tomto kroku jsou na specifická místa navázány komplementární primery (tzv. annealing primerů) Zabrání vzniku původní dvoušroubovice a ohraničí amplifikovaný úsek DNA z obou stran.

3) Za přítomnosti DNA-polymerasy a základních stavebních kamenů DNA –nukleosidtrifosfátů (dNTP) je obvykle při teplotě 72 °C zahájen proces prodlužování nového vlákna DNA podle templátu (původní DNA). Tato fáze se nazývá syntéza nebo elongace.