Polymerázová řetězová reakce (PCR)

Master mix – reakční směs zajišťující optimální podmínky pro průběh reakce.

Reakční směs je složena z:

• koncentrovaného pracovního pufru obsahujícího hořečnaté ionty (ty zajišťují vhodné podmínky pro aktivitu DNA-polymerasy),
• směsi dNTPs,
• DNA-polymerasy,
• specifických primerů,
• PCR vody,
• templátové DNA.

Koncentrace jednotlivých komponent reakční směsi je pro správnou tvorbu PCR produktu velmi důležitá a stanovuje se empiricky.

Templát – DNA, která slouží jako vzor (šablona) pro syntézu nových řetězců; pro reakci PCR se používá DNA o koncentraci přibližně 10 ng/µl.

DNA-polymerasa – enzym používaný k syntéze nové DNA ve směru 5´ → 3´ podle sekvence nukleotidů v templátu od místa navázaného primeru. Enzym Taq polymerasa, který se nejčastěji pro PCR používá, je izolován z termofilní bakterie Thermus aquaticus a umožňuje opakované zahřátí na teplotu 95 °C, enzym zůstává aktivní při této teplotě až 40 minut.

dNTP – 2´-deoxyribonukleosid-5´-trifosfátů (adenin, guanin, cytosin a thymin).

Primery – jsou oligonukleotidy (o velikosti obvykle 20-25 bazí), které svou sekvencí odpovídají DNA templátu a vymezují úsek, který bude amplifikován.