Výhody, nevýhody a využití PCR v mikrobiologii potravin

Teoreticky umožňuje technika PCR detekovat jednu jedinou buňku či molekulu DNA. Avšak správný průběh reakce může být narušen přítomností celé řady inhibitorů. Zejména potravinová matrice se vyznačuje jejich velkým množstvím.

Za snížení citlivosti či úplné selhání reakce mohou být zodpovědné bakteriální enzymy (nukleasy, proteasy), polysacharidy, proteiny, lipidy a další složky potravin (např. ionty Ca²⁺ u mléčných výrobků, myoglobin u masných výrobků), pudr z laboratorních rukavic, složky kultivačních médií, detergenty, antibiotika, aj.

Již při izolaci nukleové kyseliny může dojít k selhání buněčné lýzy nebo degradaci templátové DNA či RNA. Poškozeny mohou být také primery (zejména ty s nižší teplotou tání), případně může dojít k obsazení jejich cílových míst. Termostabilní DNA-polymerasu mohou inhibitory inaktivovat. K inhibici dojde snáze, pokud je nízká koncentrace templátové nukleové kyseliny a pokud se tvoří dlouhý amplikon nebo amplikon s nižším obsahem G+C bazí. U real-time PCR může být inhibován také fluorescenční signál. Tyto nežádoucí vlivy se mohou projevit jako falešně negativní výsledek.